科研服务 > 第二代定序 > miRNA 研究

 
运用第二代定序 (Next generation sequencing, NGS) 或称为高通量测序 (High throughput sequencing) 的技术, 除定序外,还能能精准的进行 miRNA 定量, 加速新 miRNA 的发现, 为当前研究 miRNA 最有力的工具。 华联生技与知名的 miRNA 团队合作,以专业的的经验, 提供客户另一个崭新的服务选择。
 
 
   机型 / 软体
  • Illumina Genome Analyzer IIx
  • ACGT101-miR* 分析软体

  • * Li, M. et al. MicroRNAome of porcine pre- and postnatal development. PLoS One 5, e11541.
       报告范例
    miRNA 定序报告会依序列比对的结果, 分成 4 个群组进行整理, 包含 miRNA 的序列及其表现量、 所有 isoform 的拷贝数、 对应的前体 (pre-miRNA 长度)、CG%、MFEI 值(minimal free energy index) 与二级结构简图等, 以图或表格的方式,更直觉的呈现分析的结果。
    • Reads 初步筛选

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    mRNA 的表达检测为例, 先参考基因的 RefSeq ID 进行 SYBR Green 系统的探针设计后, 以 universal reference RNA 为样品测试产物的专一性。 单一波峰表示仅有一个 PCR 产物,如右图所示。


    • miRNAs 分群

    <<按此图片放大>>
    将资料比对到 miRNAs, 根据物种保守性分为四组∶
    Group 1:Reads 可比对到 miRBase 中已知的人类或其他哺乳动物的前体 (pre-miRNAs), 并且前体可以进一步比对到人的基因组;或可比对到人类其他部分的基因组,并且在基因组上延伸可以形成发夹结构 (又分成 1a,1b,1c 三小组);
    Group 2:Reads 可比对到 miRBase 哺乳动物前体, 前体不能进一步比对到人类的基因组,可以比对到基因组上,延伸的基因组序列可以形成新的发夹结构;
    Group 3:Reads 比对到哺乳动物前体,前体不能比对到人类基因组上, 同时也无法在人的基因组上形成新的发夹结构;
    Group 4:Reads 直接比对到定序物种基因组上并且在基因组上延伸可以形成新的发夹结构 (Reads 未比对上已知的 miRNAs)