科研服务 > 第二代定序 > 植物降解组
植物 miRNA 与 mRNA 完全或接近完全的配对结合后,
会引起目标基因在配对的第十位核酸上发生剪切,进行基因表达的调控。
伴随第二代定序的进步,利用 PARE* (Parallel Analysis of RNA Ends) 方法,
以降解组定序(Degradome Sequencing)测出剪切位点,
被剪切的 3’ 片段以 RNA 连接酶连接上 5’ adaptor 后,
经反转录形成双股 cDNA,
再以 EcoP 15I** 酵素切位接上 3’ adaptor 后往下进行定序分析。
目前此方法已成功应用于阿拉伯芥,水稻等植物的降解组定序上。
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* German, M.A., Pillay, M., Jeong, D.H., Hetawal, A., Luo, S., Janardhanan, P., Kannan, V., Rymarquis, L.A., Nobuta, K., German, R. et al. (2008) Global identification of microRNA-target RNA pairs by parallel analysis of RNA ends. Nat Biotechnol, 26, 941-946. | ||
**Addo-Quaye, C., Snyder, J.A., Park, Y.B., Li, Y.F., Sunkar, R. and Axtell, M.J. (2009) Sliced microRNA targets and precise loop-first processing of MIR319 hairpins revealed by analysis of the Physcomitrella patens degradome. RNA, 15, 2112-2121. | ||
机型 / 软体 |
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报告范例 |
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Category 分类的定义如下: Category 0 : 在目标基因中只有出现一个剪切位,且此位置在该基因的 Reads 数最高; Category 1 : 有一个以上的剪切位,且这些位置在该基因的 Reads 数皆最高; Category 2 : 判定的剪切点,Reads 数高于该基因的平均 Reads 数, 但其少于该基因 Reads 数最高的片段; Category 3 : 判定的剪切点,Reads 数少于该基因的平均 Reads 数; Category 4 : 判定的剪切点,但 Reads 数只为 1。 |
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