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内部品质控制探针 |
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为了监测样品备制备过程中 RNA 放大的效率、样品 RNA 的完整性及杂交效率等,
在每一芯片上设计有三组内部品质控制探针,分别为内部杂交对照探针 (IHC, Intrinsic Hybridization Control) 、
内部杂交对照梯度讯号探针 (IHL, Intrinsic Hybridization Ladder)、
内部目标品质对照 (ITQC, Intrinsic Target Quality control)。
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中文名称 |
代号 |
探针编号 |
设计目的 |
说明 |
内部杂交对照探针 |
IHC |
PH_c_0000100 |
监测样品备制与杂交效率 |
IHC 是包含了11 个 housekeeping gene 的混合探针,可作为阳性控制探针,平均分布在整个芯片阵列,共有超过 95 个重复。 |
内部杂交对照梯度讯号探针 |
IHL |
PH_c_0000101 ~ PH_c_0000116 |
监测样品备制与杂交效率 |
IHL 是来自于 IHC 的连续稀释。经过杂交,IHL 的数据可反应出浓度与讯号强度的趋势线,作为样品备制与杂交反应的整体效能指标。 |
内部目标品质对照探针 |
ITQC |
PH_mc_0000001 ~ PH_mc_0000014 |
监测样品 RNA 长度以评估完整性与放大处理过程 |
包含 5 个内参照基因,每个基因于自 3’ 端起算的 300~600 bp、900~1200 bp 各设计 1 个探针。 |
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. 内部杂交对照梯度讯号探针 (IHC / IHL) |
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参照 OneArray® 使用说明设定扫描器后,IHC 讯号值会到达饱和或趋近饱和 (~60,000)。此时,IHL 的讯号值由低浓度到高浓度会呈现线性递增的现象。 |
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. 内部目标品值对照探针 (ITQC) |
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代号 |
基因名称 |
300-600 nt |
900-1200 nt |
ITQC_1 |
TATA box binding protein (Tbp) |
PH_mC_0000001 |
PH_mC_0000002 |
ITQC_2 |
transferrin receptor (Tfrc) |
PH_mC_0000003 |
PH_mC_0000004 |
ITQC_4 |
ribophorin II (Rpn2) |
PH_mC_0000007 |
PH_mC_0000008 |
ITQC_6 |
cathepsin D (Ctsd) |
PH_mC_0000011 |
PH_mC_0000012 |
ITQC_7 |
vimentin (Vim) |
PH_mC_0000013 |
PH_mC_0000014 |
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在实验流程及放大效率良好的情况下,所有的 ITQC 探针都可以测得讯号,
而且越靠近 3’ 端的探针会有较高的萤光讯号值,
上图为 ITQC 探针测试的结果。
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