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  Yeast microarray for gene expression   酵母菌表达谱芯片 v1 的探针是采用 Operon Yeast Genome Array-Ready Oligo Set (AROS) v1.1Yeast Brown Lab Oligo Extension (YBOX) v1.0 探针组资讯所设计, 为长链 70 个碱基寡核酸探针。 酵母菌表达谱芯片 v120103 月上市。 探针皆设计在离 3’750 碱基以内的序列,适合用来进行基因表现的研究。

 
 

  阴性控制探针
 
芯片实验的设计上,常需要利用阴性探针 (Negative Control) 的设计来监测或确认实验的流程。 因此,在酵母菌表达谱芯片的针设计上,包含 Operon Yeast Genome Array-Ready Oligo Set (AROS) v1.1 探针组中 12 种阴性探针, 并另外加入 ArrayControl™ RNA SPIKE 探针组及外部品质控制探针组 (ETQC), 此两组探针与酵母菌目标基因皆不会产生杂交的反应,可规划作为监控实验流程的外源性探针。
 
 
    . AROS v1.1 阴性探针
   
探针编号 探针名称 探针功能说明
YCONTROL02 Operon Negative control_1 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL04 Operon Negative control_2 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL19 Operon Negative control_3 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL57 Operon Negative control_4 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL60 Operon Negative control_5 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL63 Operon Negative control_6 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL77 Operon Negative control_7 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL91 Operon Negative control_8 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL97 Operon Negative control_9 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL98 Operon Negative control_10 Randomly_generated_negative_control
YCONTROL99 Operon Negative control_11 Randomly_generated_negative_control
YCONTROLAF Operon Negative control_12 Randomly_generated_negative_control
 
 
    . ArrayControl™ RNA SPIKE
 
    ArrayControl™ RNA SPIKE 探针组经由 Ambion 公司授权, 可使用于 OneArray® 芯片产品上。由下方的实验结果显示, 当实验过程中没有外加经萤光标记的 ArrayControl™ RNA SPIKE 的目标序列时,样品与芯片杂交后, ArrayControl™ RNA SPIKE 探针组的讯号会趋近于背景值。此结果验证 ArrayControl™ RNA SPIKE 探针组序列的外源性, 不会与人类目标基因发生杂交的现象,可以用来当做监控实验流程的外源性控制探针。
 
   
代号 Ambion 代号 F635 Mean F532 Mean
AM_c_0000015 Array Control RNA SPIKE 1 79 72
AM_c_0000016 Array Control RNA SPIKE 2 211 75
AM_c_0000017 Array Control RNA SPIKE 3 139 97
AM_c_0000018 Array Control RNA SPIKE 4 137 86
AM_c_0000019 Array Control RNA SPIKE 5 213 90
AM_c_0000020 Array Control RNA SPIKE 6 142 82
AM_c_0000021 Array Control RNA SPIKE 7 103 95
AM_c_0000022 Array Control RNA SPIKE 8 66 66

   
 
 
 
    . 外部品质控制探针组 (ETQC)
 
    ETQC 探针组为一组特别设计的外源性探针, 可用来监测芯片的杂交品质。由下方的实验结果显示,当实验过程中,没有外加经萤光标记的 ETQC 的目标序列时, 样品与芯片杂交后, ETQC 探针组的讯号会趋近于背景值。 此结果验证 ETQC 探针组序列的外源性,不会与人类目标基因发生杂交的现象, 可以用来当做监控实验流程的外源性控制探针。
 
   
代号 参考资料 F635 Median F532 Median
PH_c_0000066 NM_202341.1
(Entrez Gene ID: 842522)
50 74
PH_c_0000067 NM_122927.2
(Entrez Gene ID: 833497)
59 79
PH_c_0000068 NM_001036207.1
(Entrez Gene ID: 843854)
73 89
PH_c_0000069 NM_104167.4
(Entrez Gene ID: 841722)
49 84
PH_c_0000070 NM_129890.3
(Entrez Gene ID: 818930)
87 98
PH_c_0000071 NM_106286.3
(Entrez Gene ID: 843969)
46 79